A través de las naves laterales se abren diez capillas, cinco a cada lado, previstas en el proyecto original de Alessi.

Desde finales del 1500 los franciscanos de S. María de los Ángeles iniciaron a asignar el patronato de las capillas a quienes lo solicitan, según la costumbre trasmitida a través de los siglos.

No solo pertenecientes a la nobleza y burguesía, sino también instituciones municipales y varias confraternidades religiosas, se muestran diligentes solicitando les confieran las capillas, para poder comisionar la decoración, como signo tangible no solamente de la devoción personal a san Francisco y a la Madre de Dios, y signo de propio estatus social y de las preferencias en cuestión de arte.