El gran ábside semicircular de la Basílica alberga un imponente coro en madera, realizado en el 1600 por los frailes de S. María de los Ángeles.

El púlpito, también este en madera, presenta preciados tallados barrocos que representan episodios del Perdón de Asís.

El altar mayor, amarillo Siena, se encuentra decorado por siete placas en bronce que representan al Cristo entre algunos santos franciscanos.

Los dos ambones, colocados a los lados del presbiterio se encuentran decorados con escenas de la vida de san Francisco.

Debajo del altar mayor se encuentra la cripta en la cual, durante las escavaciones realizadas en 1966, se encontraron algunos restos arquitectónicos, tal vez pertenecientes a las antiguas estructuras habitadas por los frailes de la Porciúncula.