En el 1924 los frailes, para evitar la disperción de algunas obras y valorizarlas al interno de una estructura adecuada, dan vida al Museo de la Porciúncula, situándolo en la parte del "conventito" del cuatrocientos ( o dicho "de San Bernardino") que sobrevivió a la construcción de la Basílica.
Éste es parte integral del recorrido de los peregrinos y ofrece una mayor comprensión de los lugares a través de las obras expuestas según un recorrido cronológico que el visitante es invitado a seguir.

La primera sala pre-franciscana, presenta una plástica que reproduce la situación de Asís en el tiempo de San Francisco.
La segunda sala guarda las obras más importantes: el Crucifijo de Giunta Pisano (1236), con el Cristo que pende sin vida de la cruz; la Tabla del Maestro de San Francisco (s. XIII), con la imagen del Pobrecillo de Asís; dos relicarios del trescientos de Pietro el Teutónico.
En la tercera sala se encuentra el apreciable dosal con la Coronación de la Virgen de Andrea della Robbia (1475).
En la cuarta sala se encuentran numerosas testimonianzas relativas a la iconografía mariana en la Porciúncula: la más notable es la estatua de la "Madonna del Latte" (s.XIV).
A lo largo del recorrido es posible visitar el "conventito", donde durante el año tienen lugar diversas muestras con temas franciscanos.

Delante al Museo surgen otras dos grandes salas destinadas a muestras de arte sacro contemporáneo. Además, está a disposición del Museo el antiguo "refettorietto" con cerca de 200 puestos, utilizado para congresos o manifestaciones culturales.