La capilla esta situada en una zona denominada "Portiuncula". Abandonada por mucho tiempo, fue restaurada por san Francisco.

Aquí emprendió claramente su vocación y fundo la Orden de los Frailes Menores en el 1209, confiándola a la protección de la Virgen Madre de Cristo, a quien le ha sido dedicada la iglesita.
Recibió de los Benedictinos como regalo el lugar y la capilla para hacerlos centro de su nueva instituión.

El 28 de marzo de 1211 Clara de Favarone de Offreduccio, recibió en esta capilla de manos del Santo el habito religioso, dando inicio a la Orden de las Damas Pobres (Clarisas).

En el 1216, en una visión, Francisco obtuvo de mismo Jesús la indulgencia conocida como "la indulgencia de al Porciúncula" o "el Perdón de Asís", la cual fue aprobada por el papa Onorio III.

En la Porciúncula, que fue y es el centro del franciscanismo, san Francisco reunía cada año a sus frailes en los capítulos (reuniones generales), para discutir la Regla, y para reencontrar el fervor y partir de nuevo a anunciar el Evangelio por el mundo entero.