El lugar donde originariamente se levantaba la choza que hospedaba a San Francisco, viene transformado en una capilla por orden de San Buenaventura de Bagnoregio al rededor del 1260. Fue definitivamente ampliada - formando la actual "Capilla de las Rosas" - por San Bernardino de Siena, aproximadamente en el año 1440. Es también conocida con el nombre de "Cárcel de San Francisco".

Al interno del pequeño oratorio, dividido en dos estancias en niveles diversos, fue enriquecido en el 1500 por los frescos de Tiberio de Diotallevi de San Francisco, conocido también con el nombre de Tiberio de Asís.
Las pinturas en el nivel inferior de la capilla reproducen los cinco cuadros del retablo del altar del Padre Ilario de Viterbo en la Porciúncula; las pinturas en el nivel superior retratan a San Francisco con sus 12 primeros compañeros y algunos santos franciscanos, entre ellos Santa Clara, San Buenaventura y San Bernardino.

Bajo la capilla se abre una especie de gruta, al interno de la cual se encuentra una estatua del Santo en Oración y los restos de las traves que formaron el púlpito desde el cual San Francisco anunció la grande Indulgencia de la Porciúncula.