Lungo le navate laterali si aprono dieci cappelle, cinque per ogni lato, previste dal progetto originario dell'Alessi.

Dalla fine del Cinquecento i Francescani di S. Maria degli Angeli cominciano ad assegnare il patronato delle cappelle a coloro che ne avanzano richiesta, secondo l'uso invalso nei secoli.

Non solo esponenti della nobiltà e borghesia, ma anche istituzioni municipali e varie confraternite religiose, si mostrano solleciti nella richiesta di conferimento delle cappelle, per poterne poi commissionare la decorazione, quale segno tangibile non solo della devozione personale per san Francesco e la Madre di Dio, ma anche del proprio status sociale e delle proprie preferenze in fatto d'arte.