La grande abside semicircolare della Basilica ospita un imponente coro ligneo, eseguito nel '600 dai frati di S. Maria degli Angeli.

Il pulpito, anch'esso ligneo, presenta dei pregevoli intagli barocchi che rappresentano episodi del Perdono di Assisi.

L'altare maggiore, in giallo di Siena, è decorato da sette formelle in bronzo raffiguranti il Cristo tra alcuni santi francescani.

I due amboni, collocati ai lati del presbiterio sono decorati con scene della vita di san Francesco.

Sotto l'altare maggiore è situata la cripta nella quale, nel corso degli scavi eseguiti nel 1966, sono venuti alla luce alcuni resti architettonici, forse facenti parte delle antiche strutture abitative dei frati della Porziuncola.