La cappella è situata in una zona zona denominata "Portiuncula". Rimasta per lungo tempo in stato di abbandono, viene restaurata da san Francesco.

Egli qui comprende chiaramente la sua vocazione e qui fonda l'Ordine dei Frati Minori nel 1209, affidandolo alla protezione della Vergine Madre di Cristo, cui la chiesina è dedicata.
Dai Benedettini ottenne in dono il luogo e la cappella per farne il centro della sua nuova Istituzione.

Il 28 marzo 1211, Chiara di Favarone di Offreduccio vi riceve dal Santo l'abito religioso, dando inizio all'Ordine delle Povere Dame (Clarisse).

Nel 1216, in una visione, Francesco ottiene da Gesù stesso l'Indulgenza conosciuta come "Indulgenza della Porziuncola" o "Perdono di Assisi", approvata dal Papa Onorio III.

Alla Porziuncola, che fu ed è il centro del francescanesimo, il Poverello raduna ogni anno i suoi frati nei Capitoli (adunanze generali), per discutere la Regola, per ritrovare di nuovo il fervore e ripartire per annunciare il Vangelo nel mondo intero.