Sala D
Francesco ebbe una singolare comprensione del ruolo della Vergine nella storia della salvezza. Nella Sala D, ricavata nel primitivo refettorio e suddivisa in due parti tramite un pannello, sono raccolte numerose testimonianze relative all'immagine di Maria alla Porziuncola.
Notevoli sono la Madonna del Latte, scultura in pietra policroma della fine del XIV - inizi del XV secolo, posta in origine entro il tabernacolo gotico al di sopra della facciata della Cappella, la Madonna col Bambino di Sano di Pietro e i due bellissimi angeli portacero attribuibili a Niccolò di Liberatore detto l'Alunno e a suo figlio Lattanzio: questi angeli, sagomati e dipinti venivano probabilmente usati durante le feste mariane più importanti, quando pendevano dal soffitto tramite una fune.
Nel secondo ambiente della sala D, sulla base di disegni realizzati da Providoni nel 1687 e di una serie di incisioni ottocentesche, è ricostruito l'arredo dell'altare della Porziuncola così come esso si presentava fino agli inizi del Novecento, quando l'immagine mariana della pala di Prete Ilario da Viterbo era occultata quasi per intero da una grande macchina e veniva mostrata ai fedeli solo durante le maggiori festività dell'anno o in occasione della visita di illustri personaggi: in questi rari casi la Vergine veniva esposta al culto aprendo le ante d'argento che la ricoprivano.
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